U SRP “Obedska bara” je uspostavljen trostepeni režim zaštite prostora (površina pod režimom zaštite I stepena na 315 ha, II na 2.565 ha i III na  6.940 ha). Ustanovljena je i zaštitna zona koja ima površinu od 19.611 ha. Upravljač je Javno preduzeće “Vojvodinašume”, Šumsko gazdinstvo “Sremska Mitrovica”. Poplavno područje i šume na lesnoj terasi su uglavnom u državnom vlasništvu, dok su obradive površine privatno vlasništvo.

Na području pod režimom zaštite I stepena zabranjene su sve ljudske aktivnosti, osim kontrolisane edukacije i naučno-istraživačkog rada. Na području pod režimom zaštite II stepena zabranjeno je: promena sastava šumskih sastojina i njihova eksploatacija; pošumljavanje bara i livada; vršenje svih delatnosti koje menjaju uslove života u biotopima, zagađivanje voda, izvođenje zemljanih radova, promena vegetacije i sl.; lov i ribolov osim kada je to potrebno radi očuvanja optimalne brojnosti životinja i zaštite od zaraznih bolesti;  sakupljanje i korišćenje zaštićenih biljnih i životinjskih vrsta; kretanje ljudi bez posebne dozvole. Ujedno, na ovom području se obezbeđuje: planska sanitarna seča stabala; uzgojni radovi za šumske sastojine; košenje livada posle 15. jula;  prezentacija zaštićenog područja; praćenje stanja prirodnih vrednosti i uspostavljanje monitoringa. Na području pod režimom zaštite III stepena zabranjeno je: pošumljavanje bara i livada; sakupljanje i korišćenje zaštićenih biljnih i životinjskih vrsta; proširivanje površina pod euro-američkim topolama; seča pojedinačnih stabala i grupa stabala autohtonih topola i vrba starijih od 30 godina; na mestima gnežđenja orla belorepana i crnih roda izvođenje radova i drugih aktivnosti u krugu od 100 metara; ribolov ispred upusno-ispusnih kanala u poluprečniku od 100 metara od upusta, odnosno ispusta. Ujedno, na ovom  području dozvoljava se: ispaša stoke prema planu pašarenja; izvođenje hidrotehničkih radova radi unapređenja vodnog režima; aktivnosti na održavanju i poboljšanju ekoloških uslova; razvoj turizma; izgradnja objekata u tradicionalnom stilu u cilju prezentacije osnovnih vrednosti područja. U zaštitnoj zoni je zabranjeno: upuštanje otpadnih voda; neplanska seča šuma; nekontrolisana upotreba veštačkih đubriva; neplanska izgradnja objekata. Ujedno, na ovom području neposredno uz rezervat, dozvoljena je samo izgradnja objekata u funkciji turizma i rekreacije, kao i lov i ribolov u skladu sa lovnom odnosno ribolovnom osnovom.

Obedska bara i njena prirodna raznolikost su ugroženi zarastanjem potpomognutim i ubrzanim čovekovim delovanjem i menjanjem tradicionalnog načina korišćenja prostora.  Poremećajem vodnog režima, taloženem sedimenata i obrastanjem bara došlo je do značajnih negativnih promena. Ugrožavajući faktori uključuju još podizanje zasada plantažnih topola, nestajanje bara i livada, melioracije, izostanak prirodnog podmlađivanja hrastovih šuma, korišćenje biocida, divlja gradnja uz Savu kod Plandišta. Posebno je nepovoljan poremećaj optimalnog odnosa barskih, šumskih i livadskih staništa po površini i prostornom rasporedu. Nepovoljni efekti čovekovog mešanja u prirodno okruženje Obedske bare drastično su se reflektovali u drugoj polovini XX veka. Proces zarastanja močvarnih staništa je znatno ubrzan. Danas, posle više od 100 godina, prirodne vrednosti Obedske bare su ipak sačuvane u znatnom obimu, kroz raznolikost i reprezentativnost prirodnih pojava, bogatstvo vrsta i ekosistemskih procesa, kao i u istorijskom i kulturnom nasleđu.