Obedska bara sa okolinom je značajna za gnežđenje barskih i šumskih ptica. Na području IBA su zabeležene 222 vrste ptica, dok se stvarno bogatstvo kreće čak do 250 vrsta. Ukupni broj do sada poznatih vrsta gnezdarica je oko 145, dok u savremeno doba taj broj iznosi oko 120. To je jedno od najvažnijih gnezdilišta crne rode (Ciconia nigra) i belorepana (Haliaeetus albicilla) u Srbiji. Unutar IBA se nalazi najveća nacionalna populacija orla kliktaša (Aquila pomarina)(3 para). Smatra se da je u drugoj polovini 19. veka u zoni Potkovice gnezdilo oko 60.000 parova ptica močvarica, od čega u koloniji čaplji 15.000 parova, u okviru 9 vrsta. Među značajnim vrstama mogu se još pomenuti crna lunja (Milvus migrans) koja naseljava rubove poplavnih šuma, osičar (Pernis apivorus) vezan za mozaična  šumska staništa, bela roda (Ciconia ciconia) koja se brojno gnezdi po naseljima, kao i više retkih vrsta ptica pevačica. Pojedini  parovi stepskog sokola (Falco cherrug), lastavičara (Falco subbuteo) i vetruške (Falco tinnunculus) gnezde se po okolnim obradivim poljima, na drveću i dalekovodima.